Pemberontakan yang terjadi itu dikarenakan adanya rasa kecewa dari sistem pemerintahan di pusat.

Adanya pemberontakan ini kebanyakan terjadi di masa pemerintahan demokrasi liberal sekitar tahun 1950-1959. Pada zaman demokrasi liberal, Indonesia ini sering berganti kabinet dengan jangka waktu yang cukup singkat.

Contohnya, Kabinet Natsir menjabat di bulan September 1950-Maret 1951. Kemudian, dilanjutkan oleh Kabinet Sukiman di bulan April 1951-Februari 1952. 

Setiap kabinet tersebut menjabat hanya dalam waktu beberapa bulan saja. Secara keseluruhan, dalam waktu pemerintahan demokrasi liberal selama 9 tahun, ada 7 kabinet yang pernah menjabat. 

Pergantian yang cukup banyak ini menyebabkan adanya ketidakpuasan dari pemerintah daerah. 

Pemerintah pusat akan sibuk dengan pergantian kabinet. Sehingga, hubungan antara pemerintah pusat dan daerah menjadi renggang, atau ada ketimpangan antara pusat dan daerah. 

Masalah ekonomi, politik, sampai pembangunan semuanya difokuskan hanya di pemerintah pusat saja. Padahal, pemerintah daerah juga perlu diperhatikan dari segi ekonomi dan yang lainnya.

Itu dia penyebab lahirnya konflik sistem pemerintahan.

Pemberontakan PRRI/Permesta ini terjadi di wilayah Sulawesi dan Sumatera pada bulan Februari tahun 1958. Alasannya karena ada ketimpangan pembangunan antara pemerintah pusat dan daerah. Pemerintah daerah Sulawesi dan Sumatera pada saat itu merasa kalau pembangunan yang dilakukan hanya fokus di pusat saja. Makanya, tujuan dari Pemberontakan PRRI/Permesta ini untuk menuntut pemberian otonomi daerah yang lebih luas.

Akhirnya, lahirlah pemberontakan yang dipelopori oleh kalangan militer dari daerah. Dalam pemberontakan tersebut, terdapat dewan atau perwira militer yang memimpin pemberontakan dari setiap daerah.

Tapi, konflik sistem pemerintahan ini tidak berlangsung lama. Akhirnya, pemerintah pusat memutuskan untuk menumpas Pemberontakan PRRI/Permesta dengan cara mengadakan operasi militer.

Operasi militer ini dipimpin oleh Tentara Negara Indonesia (TNI) yang mempunyai beberapa nama. Mulai dari Operasi Saptamarga, Merdeka, Sadar, sampai Operasi 17 Agustus. 

Akhirnya, di bulan Agustus tahun 1958, pemberontakan ini berhasil diberhentikan oleh TNI. Lalu, Presiden Soekarno memutuskan untuk memberikan amnesti atau penghapusan hukuman kepada para mantan anggota PRRI/Permesta di tahun 1961.