1. Pemberontakan Partai Komunis Indonesia (PKI) di Madiun

PKI merupakan partai yang berdiri jauh sebelum proklamasi Indonesia. Namun, pada saat pemerintahan Hindia Belanda partai ini sempat dibekukan karena terlibat pemberontakan. Setelah Indonesia merdeka, partai ini kembali aktif dan sempat didukung oleh pemerintah karena menjadi bagian dari golongan kiri yang berkuasa.

Setelah golongan kiri tidak berkuasa lagi, PKI kemudian berubah menjadi oposisi. Lalu pada tanggal 18 September 1948, Musso yang pada saat itu mengendalikan kekuasaan PKI akhirnya membawa partai ini ke Madiun. 

Musso bersama PKI datang ke Madiun untuk memulai pemberontakan. Pemberontakan tersebut dipicu oleh keinginan Partai Komunis Indonesia (PKI) untuk merubah ideologi Indonesia menjadi komunis. Inilah yang menyebabkan munculnya konflik ideologi antara pemerintah dengan PKI pada saat itu. 

2. Pemberontakan DI/TII

Terjadinya pemberontakan ini dipimpin oleh Sekarmadji Maridjan kartosuwiryo. Yang pada saat itu menentang hasil keputusan Perjanjian Renville dengan Belanda yang menginginkan tentara Republik Indonesia untuk pergi dari Jawa Barat yang diklaim sebagai milik Belanda. 

Kartosuwiryo yang merupakan seorang tokoh dari Partai Sarekat Islam Indonesia (PSII) memutuskan ingin mendirikan negara dengan sistem ideologi yang ia miliki. Pada saat itu ia ingin menjadikan Indonesia sebagai Negara Islam.

Kemudian dibentuklah Tentara Islam Indonesia (TII) yang tadinya bertujuan untuk melawan Belanda, tapi berubah menjadi ingin menjadikan Indonesia menjadi Negara Islam. 

Puncaknya pada Agustus 1948 di Jawa Barat, Kartosuwiryo menyatakan pembentukan Darul Islam (Negara Islam/DI) bersama dengan TII dan menolak mengakui adanya RI. 

Karena ada indikasi kalau gerakan yang dipimpin oleh Kartosuwiryo ini mengancam kestabilan bangsa Indonesia, akhirnya pemerintah tidak tinggal diam.  Pemerintah melakukan operasi “pagar betis” dengan tujuan membatasi ruang gerak DI/TII. 

Pada akhirnya di tahun 1962, Kartosuwiryo berhasil ditangkap dan dijatuhi hukuman mati.

3. Gerakan 30 September 1965 (G30S/PKI)

Terlepas dari pemberontakan yang dilakukan oleh PKI di Madiun, PKI menjadi partai yang semakin berkembang sebagai partai oposisi. Bahkan hal ini didukung oleh kedekatan PKI pada saat itu dengan Presiden Soekarno sebagai upaya untuk menghindari konflik dengan tentara. 

Peristiwa Gerakan 30 September 1965 ini disebabkan oleh berkembangnya sebuah isu. Pada saat itu ada isu yang berkembang, kalau Dewan Jenderal di Angkatan Darat ingin menggulingkan Presiden Soekarno. 

Kemudian, terjadilah pemberontakan oleh PKI. Dengan dipimpin oleh Letnan Kolonel Untung, PKI melaksanakan aksi Gerakan 30 September. Terjadilah penculikan dan pembunuhan 7 jenderal dan perwira. Ketujuh orang ini kemudian dimasukkan ke dalam sumur tua di daerah Lubang Buaya.

Melihat situasi yang memanas seperti itu, Panglima Komando Strategis Angkatan Darat Mayor Jenderal Soeharto kemudian ditugaskan untuk mengambil alih pimpinan Angkatan Darat untuk melaksanakan aksi pemberantasan dan penumpasan PKI baik di pusat maupun daerah.